吉林大学学生心理健康指导中心是学校组织实施学生心理健康教育工作的具有部分管理职能的直属机构。中心于2004年成立，2012年学校对学生心理健康教育工作进行了顶层设计与规划，成立了正处级建制的学生心理健康指导中心。心理中心负责高校思想政治工作创新发展中心(吉林大学，心理育人方向)、中国心理学会临床心理学注册工作委员会吉林省督导项目点、全国高校心理健康教育与咨询示范中心等3个心理育人国家级平台建设工作。

中心的主要任务是：组织、指导和服务各学院、研究生培养单位开展学生心理健康教育、指导、管理与服务工作。主要通过开展心理健康教育、教学与研究，组织开展日常教育指导活动，进行心理危机管理与干预，提供专业化的心理咨询，预防和缓解学生心理问题，提供心理危机救助和转介，让学生普遍享有专业化、系统化、精准化和温情化的心理指导服务，助力学生形成认知合理、情绪稳定、行为适当、适应变化的完好心理状态。

学生心理健康指导中心下设心理指导科，危机管理科和综合办公室三个科室，目前在职人员16人。在各校区设立学生心理素质培育基地，本着“尊重、接纳、保密”的原则接待学生日常咨询来访及其他心理服务工作。